从科学治理的角度，治理腐败应当从滋生腐败的源头入手。要实现“不敢腐”“不能腐”“不想腐”的治理目标，就需要有提高腐败行为成本的惩戒机制、杜绝腐败机会的防范机制、提高腐败行为风险的保障机制、减少贪腐心理动机的抑制机制与之匹配。

　　提高腐败行为成本的惩戒机制

　　当腐败存量比较大、而腐败增量仍在扩大的情形下，专业反腐败机构就要采取让腐败分子产生畏惧之心的果断措施，才能扭转腐败持续加剧的趋势。一是以高压的反腐态势迫使腐败者放弃侥幸心理，不再顶风作案。二是将长期潜伏于体制内外的腐败分子在较短的时期内尽可能地揭露并予以严惩。让公职人员不敢腐，就是要通过惩戒手段，追究腐败行为者的法律责任，以减少腐败的存量，遏制腐败的增量。没有发现，也就没有惩处，腐败者就不会承担违法犯罪的成本。发现腐败弊案的概率直接影响到对腐败分子惩罚的概率。

　　当前我国反腐败斗争存在着腐败分子发现难、潜伏期长的问题，这主要受到腐败过程的隐秘性、腐败利益的共享性等因素的影响。通过跟踪监测腐败现象、调研社会公众及公职人员的相关经历与感受、巡视巡查、经济责任审计、公民举报、专项治理等手段，可以提高腐败发现率，尽力缩短腐败潜伏期。除了提高腐败现象发现的概率之外，加大惩处的力度也是构建不敢腐的惩戒机制中的一个重要方面。除了要针对不同类型的腐败分子实施“打虎”“拍蝇”“猎狐”等惩治战略之外，还可以从空间与时间上加大腐败惩处力度。例如，运用行贿档案全国查询机制，在空间上避免有关单位和个人到异地从事行贿等犯罪活动而得不到处置的现象发生；同时，由于行贿犯罪档案查询将会对曾经的行贿者在一定时期内的经商、就业、贷款等活动产生直接影响，在时间上延伸对腐败犯罪行为的惩处。