1937年7月日军发动全面侵华战争后，沿津浦铁路迅速南犯，于1938年6月4日侵占淮南大通煤矿、九龙岗煤矿和淮南铁路。日军占领淮南后，把淮南煤矿作为实行“以战养战”政策的重要战略资源区，对矿工进行残酷剥削和迫害，在淮南大通煤矿、九龙岗煤矿修建严密的区域性碉堡群和水牢等设施，实行法西斯统治。如今，这些设施遗址有些已不复存在，幸存下来的得到了党和政府的保护。2013年3月，万人坑、秘密水牢等9处侵华日军淮南罪证遗址被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。

　　遗址现状

　　大通万人坑位于淮南市原大通煤矿南边，舜耕山北麓的南山脚下。日军侵占大通煤矿期间，疯狂掠夺煤炭资源，强迫矿工在技术落后、环境恶劣的情况下采煤。仅在1942年秋至1943年春，就有一万多名矿工罹难，大量尸骨堆积在南山脚下。1943年春，日军逼迫矿工挖了三条长20米、宽5米、深3米的大坑，把漫山遍野的尸骨集中抛入坑内，形成了白骨累累的“万人坑”。

　　站后碉堡是日军为了监控大通矿区，于1939年秋修建的军事设施。该碉堡位于原大通火车站后面，故称为站后碉堡。该碉堡为砖石水泥结构，外表为圆筒形，高14.1米，内设4层，从2层到4层，每层设5个枪眼，是日军在大通地区修建的36座碉堡中最高的一座。

　　碉堡水牢位于原大通第一小学西北角，建造于1939年冬，用方形石块砌成，整体为圆柱形。碉堡水牢分地上地下两部分，地面以上为碉堡，地面以下为水牢。碉堡水牢是当时日军为保护侵占大通煤矿时设置的“警备队”而建的，原有四座，现仅存一座。

　　秘密水牢位于原大通煤矿南门外，建于1939年冬。此水牢建立在一座房子的下面，上面伪装成“办公室”，靠墙有4个“烟囱”，是水牢的透气孔。秘密水牢是日军审讯、关押抗日志士的场所。该水牢在新中国成立后才被发现，人们从水牢里打捞出多具遗骨和镣铐。

　　窑神庙修建于1941年6月，是一座青瓦屋顶、斗拱飞檐的日式建筑，建筑面积约94平方米。1941年正月，大通煤矿发生井下透水事故，工人余月和、李富先被埋井下19天零3小时未死，日军借此大肆渲染封建迷信，说是窑神保佑，遂纠集各包工把头，扣除每个工人3个班的工钱，并于1941年6月建造了这座窑神庙。每逢年初年末或有工人遇险不死，均集会敬奉窑神，是日军利用封建迷信进行思想统治的场所。

　　除以上五处遗址外，还有日军司令部、弹药库、南宿舍碉堡和日军地堡等四处遗址。日军司令部旧址为一四合院，建筑面积约600平方米，建成于1938年，现位于九龙岗镇淮南十四中院内，是当年侵华日军在九龙岗的办公场所，俗称司令部；日军弹药库为一层平房，建于1938年，建筑面积73平方米，亦位于十四中校园内；日军南宿舍碉堡建成于1939年，通高6米；还有一座建于1938年的日军碉堡，仅3.8米高，俗称地堡。

　　九处遗址中，万人坑遗址和秘密水牢保护和利用状况最好。自1968年以来，大通万人坑教育馆对三条大坑中的尸骨加以保护，不断征集文物充实展览，以翔实的史料和展品揭露了日军侵华罪行，已接待国内外参观凭吊人员1200多万人次。2015年适值抗战胜利70周年，大通万人坑教育馆推出“日军侵占淮南煤矿罪证陈列”，常年对外免费开放。现大通万人坑教育馆是第一批国家级抗战纪念设施遗址、全国爱国主义教育示范基地。秘密水牢在1968年由原大通煤矿南门外迁至万人坑教育馆西北侧，与万人坑遗址一并对外免费开放。其余七处遗址文物本体保护状况基本完好，目前尚未对外开放。