2015年12月国务院办公厅颁布《关于优化学术环境的指导意见》指出，要着力构建符合学术发展规律的科研管理、宏观政策、学术民主、学术诚信和人才成长环境。进一步完善管理制度，特别是建立健全科研经费管理体系，激活科研经费的分配激励功能，才能确保学术研究活力，真正释放创新潜能。

　　科研经费预算体系。发达国家科研经费管理，非常重视科研经费申请的预算管理。比如美国的绩效预算编制包括绩、效、预算三要素。预算要与业绩挂钩，各部门在编制预算、提出支出要求时，必须制定5年战略目标和年度目标，制定出一套能反映部门业绩的绩效指标，并定期提供长期战略规划、年度绩效规划以及年度绩效成果报告等三种报告。我国高校科研院所对科研项目的经费预算不够重视，在编制预算时存在许多问题，如预算不能真实反映项目成本、预算编制粗放、虚列经费支出项目等，成为科研经费支出不合理甚至违规使用的直接诱因。从主观上讲，是项目申报人员的态度不够端正或对经费支出的判断不够精准；从客观上讲，是国家对经费预算比例的限定不够科学合理。我国对不同学科或同一学科不同研究课题，国家限定的经费预算比例是一样的，而不同课题的不同经费支出比例可能相差巨大，这会导致本来合理的预算支出可能与现行的国家科研经费管理政策相矛盾，并产生“该花钱的地方不能报账，能报账的项目可以多开票报销”或“有钱花不出”的现象。

　　科研经费科目体系。美英日发达国家均允许在经费预算中列支研究人员经费支出。这些国家一方面规定较高的人员费用比例，如英国的人员费用一般占项目经费支出的52%，美国科研机构的研发活动一般实行项目制的管理模式，项目负责人在制定科研项目申请及预算之初就已将人员费用、差旅费以及学术交流活动产生的费用等囊括在科研项目经费预算中，其中人员经费占总经费的33%。另一方面通过推行岗位薪酬制，保证科研人员在该国的平均收入水平处于比较靠前的位置。同时，这些发达国家还要求项目主持人在科研经费预算中对人员费用进行详细说明，并接受期中检查和事后审计，以杜绝从项目经费中重复列支人员经费的现象。美国研究型大学秉承学术治理的原则，从鼓励学术研究、规约学术治理的角度出发，结合大学科研活动的基本规律，逐渐构建起以学术为先导、恪守法律规约、讲求科研诚信等内容为特征的科研管理理念。我国的政府科研经费过于注重硬件设备投入，而忽视人力资源投入。当前高校科研人员大多只有工资性收入，知识和智力价值没有得到充分的经济认可，工资待遇不能反映其真实价值和贡献。而尽职的高校科研人员为了更快、更好地出成果，加班加点是家常便饭，甚至将整个假期都贡献给科研工作。因此，现行科研经费管理模式下，科研人员的智力和时间投入很难得到补偿。甚至会导致承担项目越多，经济上越吃亏的现象，不仅挫伤了科研人员的积极性，也是导致经费报销造假的深层次原因。